冥王星的大气层确实存在随其轨道位置变化而发生的显著变化。冥王星是一个矮行星，位于太阳系的柯伊伯带区域，其大气主要由氮气、甲烷和一氧化碳组成。这些气体直接从冥王星表面的冰冻物质中升华而来，形成极其稀薄的大气层。

冥王星的大气层厚度会随着其轨道上的位置变化而变化，特别是受到其椭圆形轨道的影响。当冥王星距离太阳较近时（即处于近日点），太阳辐射增强，使得更多冰面升华，大气层因此变厚。相反，当冥王星远离太阳（即处于远日点）时，温度下降，大气中的气体重新凝结回冰冻状态并沉积回地表，导致大气层变薄。

因此，提到“冥王星的大气层开始消失”可能是指在其轨道上处于远离太阳的阶段，大气中的一部分气体凝结回固体，从而使大气层显得不那么明显或密度降低。但这并不意味着整个大气层完全消失，而是一个自然的周期性变化过程。