木星的大红斑是一个巨大的风暴系统，其大小和深度与地球上的地理特征进行直接比较是不恰当的，因为它们属于完全不同的天体环境和物理性质。大红斑是一个大气现象，它位于木星的云层顶部，而马里亚纳海沟则是地球上最深的海洋沟，两者之间没有直接的“深度”对比性。

大红斑的直径约为1.3万公里，足以容纳整个地球，它的高度或深度是指其在云层之上的厚度，而不是一个向下延伸的深度概念，因此说它比马里亚纳海沟深40倍并不是一个基于相同测量维度的对比。大红斑的存在是由于木星大气中的气流运动造成的，其“深度”更多地关联于大气动态而非地质结构的深度。

马里亚纳海沟的最大深度大约为11,000米，这是一个海底地形的绝对深度。所以，提到大红斑比马里亚纳海沟“深”40倍的说法并不准确，也不符合科学上的比较逻辑。正确的说法应该关注于大红斑的规模、风速或者持续时间等特性，而不涉及将其与地球上的深度特征做直接比较。